N’Doye a été formé dans le système américain passant d’abord par un lycée dans le Tenneessee avant d’obtenir une bourse à l’université de Furman, celle-la même où est passé Karim Souchu. Cet international sénégalais y effectua l’intégralité de son cursus NCAA. Il boucla son année senior en étant nommé dans l’équipe type de sa conférence avec la ligne de statistiques suivantes : 16,0 pts (43,6 % à 3 pts), 5,3 rbs et 1,2 pds en 31 min. Essayé par les Dallas Mavericks durant l’été 2004, N’Doye participa ensuite à la Coupe d’Afrique des Nations où finit d’ailleurs meilleur marqueur de la sélection sénégalaise avec 14,6 pts en moyenne par match malgré la présence à ses côtés de joueurs tels que Boniface N’Dong ou encore Babou Cissé.
N’Doye a fait ses débuts professionnels durant la saison 2004-2005 en Europe en s’engageant pour la formation portugaise du Benfica Lisbonne. Avec le club lusitanien, il tournait à 8,3 pts à 45,4 % et 2,8 rbs en 21 minutes de temps de jeu.
Mis à l’essai par la JDA pour remplacer l’ailier américain Jerry Williams, le natif de Dakar a rapidement convaincu le staff bourguignon de le signer pour le reste de la saison 2005-2006. Il justifie ensuite pleinement la confiance de ses dirigeants en réalisant de bons débuts en Pro A : 10,6 pts à 42,1 % et 3,6 rbs en 27 min. Après avoir disputé le Mondial 2006 avec le Sénégal, il fait encore progresser ses stats la saison suivante avec des responsabilités accrues : 13,8 pts à 42,3 % et 3,9 rbs en 34 min.
Cette année, il est encore monté d’un cran terminant meilleur marqueur de la formation bourguignonne et s’imposant véritablement comme l’un des meilleurs extérieurs de Pro A : 16,2 pts à 48,4 % (38,9 % à 3 pts) et 4,9 rbs en 35 min.
Joueur polyvalent, capable d’évoluer sur les postes 2, 3 et 4, bon shooteur, N’Doye est une solution de choix sur les ailes pour le MSB afin de compenser notamment le départ de Nicolas Batum. Après 3 années passées à Dijon, le Sénégalais aura l’occasion de franchir un nouveau palier en découvrant l’Euroligue.