Si la phase préliminaire des poules est maintenue, avec quatre poules de 4 équipes chacune, désormais les trois équipes classées à la tête de la poule se qualifient pour des huitièmes de finales de l’édition 2009.
A ce niveau de la compétition, deux poules de six équipes seront constituées, chacune des équipes devant livrer trois rencontres contre les adversaires qu’elle n’avait pas rencontrés dans la phase préliminaire.
Avec un total de six matchs joués, les quatre équipes classées à la tête de leur poule à l’issue des huitièmes de finale vont se retrouver en quart de finale.
En quarts de finale, la formule retenue est celle des éliminatoires directs qui doit aboutir à la détermination du dernier carré des demi-finale.
A l’issue de chaque tour, les équipes éliminées vont se rencontrer dans des matchs de classement qui vont déterminer le rang de chaque nation à l’issue de l’Afrobasket 2009 dont les trois premiers se qualifieront directement au championnat du monde prévu en Turquie en 2010.
Au total, pour espérer remporter le titre de champion d’Afrique, chaque équipe devra jouer 9 matchs, soit trois lors du tour préliminaire, trois lors des huitième de finale, un match de quart de finale, une demi-finale et une finale.
La dernière formule n’obligeait à jouer que six rencontres, trois de poule, une pour les quart de finale, une de demi-finale et une finale.